با توجه به وابستگی بخش قابل‌توجهی از نیاز کشور به روغن خوراکی به واردات، ضرورت برنامه‌ریزی جامع و هدفمند برای توسعه کشت دانه‌های روغنی بیش از پیش مورد تأکید قرار گرفته است. در این راستا، توسعه برنامه‌های اصلاح نباتات با هدف تولید، توسعه و معرفی ارقام جدید، پرمحصول، باکیفیت، سازگار با شرایط اقلیمی و متحمل به تنش‌های محیطی، می‌تواند نقش مؤثری در افزایش تولید داخلی و کاهش وابستگی به واردات ایفا کند.

بخش به‌نژادی مرکز تحقیقات کاربردی و تولید بذر شرکت توسعه کشت دانه‌های روغنی، مسئولیت اصلی اجرای برنامه‌های اصلاحی با هدف تولید، توسعه و معرفی ارقام و لاین‌های جدید دانه‌های روغنی را بر عهده دارد. در این راستا، انجام دورگ‌گیری‌های هدفمند بین ارقام دارای صفات متنوع، ایجاد و توسعه تنوع ژنتیکی، ارزیابی و گزینش نتاج حاصل در نسل‌های متوالی و شناسایی ژنوتیپ‌های برتر، از مهم‌ترین فعالیت‌های این بخش به شمار می‌رود. این بخش با بهره‌گیری از منابع ژنتیکی متنوع و اجرای برنامه‌های اصلاحی هدفمند، تلاش می‌کند ارقام و لاین‌هایی با عملکرد بالا، صفات زراعی مطلوب، سازگاری مناسب و تحمل به تنش‌های محیطی تولید و معرفی نماید و از این طریق، نقش اساسی در توسعه ارقام جدید و تقویت تولید پایدار دانه‌های روغنی ایفا کند.

فعالیت‌های اصلاحی این بخش، از جمله گزینش ارقام و انجام دورگ‌گیری در محصولاتی مانند کلزا و سویا، از سال‌های ۱۳۸۹–۱۳۹۰ در این مرکز آغاز شد و در ادامه، دامنه فعالیت‌های اصلاحی به محصولاتی از جمله کتان گسترش یافت. در حال حاضر، برنامه‌های اصلاحی و تحقیقاتی این بخش در محصولات کنجد، آفتابگردان و بادام‌زمینی نیز در حال اجراست و بررسی و ارزیابی مواد ژنتیکی جدید با اهداف اصلاحی مشخص، در قالب طرح‌های تحقیقاتی مختلف دنبال می‌شود. نتایج حاصل از این فعالیت‌ها در راستای تولید، توسعه و معرفی ارقام جدید و پاسخ‌گویی به نیازهای تولید دانه‌های روغنی کشور مورد استفاده قرار می‌گیرد.

1. برگزاری دوره های آموزشی مربوط به کاشت داشت و برداشت محصولات دانه روغنی و گیاهان دارویی
2. آموزش فارغ التحصیلان رشته های کشاورزی جهت گذراندن دوره کاورزی 
3. تهیه و ارائه برشورهای علمی وترویجی در زمینه کاشت ، داشت و برداشت محصولات زراعی
4. همکاری با دانشگاه ها، مراکز تحقیقاتی و سازمان جهاد کشاورزی و نظام مهندسی جهت انجام طرحهای مشترک و کارشناسی و نظارت بر طرح های زراعی
5. مشاوره دانشجویان کارشناسی ارشد و دکتری جهت انجام مراحل مزرعه ای و اصلاح کلاسیک پایان نامه 
6. آموزش روشهای اصلاح کلاسیک شامل عقیم سازی، دورگ گیری و ... محصولات دانه روغنی به صورت تئوری و عملی در مزارع آزمایشی مرکز تحقیقات
7. آموزش پیاده سازی طرحهای کشاورزی در مزرعه
8. اجرای مراحل زراعی طرحهای تحقیقاتی و پایان نامه های دانشجویی و محققین در سطح وسیع و کوچک در مزارع تحقیقاتی مرکز با کنترل و نظارت کارشناسی

ایجاد ارقام جدید کلزا و شناسایی لاین های برتر با عملکرد دانه و روغن بالا، زودرس، مقاوم به بیماری می تواند در افزایش سطح کشت در مناطق مختلف و افزایش ضریب خودکفایی کشور موثر باشد. به منظور گسترش سطح زیر کشت و نیز بی نیازسازی کشور از واردات روغن و واردات بذر، معرفی هیبریدهای جدید با عملکرد بالا ضروری است. از آنجایی که حذف اندام نر (عقیم کردن) بصورت دستی در جهت تولید و تکثیر بذر هیبرید پر هزینه و زمان بر است بنابراین با استفاده از  سیستم نر عقیمی سیتوپلاسمی و ژن های بازگرداننده باروری (سیستم سه لاین A، B و R) بدون نیاز به عقیم کردن دستی، با هزینه و زمان کمتر می توان به بذر هیبرید دست یافت. استفاده از نر عقیمی سیتوپلاسمی در تولید بذر هیبرید کلزا، خود شامل سه مرحله: تولید لاین عقیم، نگهدارنده و رستورر و مرحله تلاقی بین این لاین ها جهت تولید بذر هیبرید است. تولید هر یک از این لاین ها فرایند اصلاحی جداگانه ای می طلبد که 6 تا 7 سال زمان می برد. تولید لاین های عقیم و نگهدارنده در مجتمع از سال های گذشته شروع شده و در حال حاضر سال چهارم آن در حال اجرا می باشد.

کشت ارقام یکنواخت بصورت مداوم در یک منطقه باعث ایجاد نژادهای جدیدی از بیماری و آفات شده و در نتیجه آسیب پذیری این گیاهان به همه گیری بیماری های گیاهی و آفات افزایش یافته و  در نتیجه کاهش عملکرد را به دنبال خواهد داشت. پس نیاز است تولید ارقام آزاد گرده افشان (op) جدید و سازگار با مناطق مختلف صورت گیرد. در این راستا تلاقی بین ارقام مختلف (زمستانه و بهاره و بین گونه ای) و بررسی نتاج به روش اصلاحی شجره  در دستور کار قرار گرفته و در این حوزه نیز حدود 60 لاین  برتر حاصل از این تلاقیها  سال سوم خود را پشت سر گذاشته است و سه سال دیگر  برای دستیابی به لاین کاملا خالص ادامه خواهد یافت. برخی از برنامه های اصلاحی انجام شده و در حال اجرا در رابطه با کلزا به شرح ذیل می باشد:

- استفاده از اصلاح موتاسیون در کلزا و ثبت و معرفی رقم مهتاب طی شش سالM1 تا M6

- دورگ‏ گیری بین ارقام مختلف کلزا، سویا، بادام ‏زمینی، کتان و کنجد و بررسی جمعیت­های در حال تفرق با استفاده از روش اصلاحی شجره جهت دستیابی به رقم یا لاین جدید

- استفاده از نر عقیمی سیتوپلاسمی با ایجاد لاین های عقیم، نگهدارنده و بازگرداننده باروری در تولید بذر هیبرید کلزا

- بهبود ژنتيكي صفات كمي و كيفي نتاج تلاقی‏های کلزا به روش تلاقي برگشتي

بادام زمينی(Arachis hypogea) از تيره پروانه آسا، بزرگترين و مهمترين زير رده از سه زير رده تيره بقولات است که به عنوان يك گياه روغني مهم در٩٦ كشور جهان كشت مي شود. ارزیابی تنوع ژنتیکی بر مبنای صفات مورفولوژیک، فیزیولوژیک و زراعی می تواند برای سازماندهی ژرم پلاسم، گزینش والدین مناسب برای دورگ گیری و تولید جمعیت های در حال تفرق سودمند باشد.انجام آزمایش های تکمیلی جهت بررسی این ژنوتیپ ها و اجرای آزمایش در شرایط آب و هوایی دیگر برای تفکیک و تمایز بهتر نمونه های موجود در ژرم پلاسم بادام زمینی ضروری است تا بتوان این ژنوتیپ ها را مستقیما به عنوان رقم مناسب جهت کشت در منطقه خاص معرفی کرد و یا از آن ها به عنوان والدین در برنامه های به نژادی جهت دورگ گیری و اصلاح جمعیت استفاده نمود. ژنوتیپ های مختلف مجموعه کلکسیون بادام زمینی مجتمع طی سال های گذشته کشت و ارزیابی شده و ارقام با خصوصیات برتر شناسایی شدند. تلاقی های لازم بین برخی از ارقام برتر در سال زراعی 93 بصورت آزمایشی صورت گرفت که در نتیجه آن دو تلاقی موفقیت آمیز بود. تدوین و اعمال برنامه های اصلاحی لازم روی این گیاه از برنامه سال های آتی مجتمع خواهد بود.

دانه سویا به طور متوسط 40 درصد پروتئین و 20 درصد روغن دارد که آن را از لحاظ ارزش غذایی در میان محصولات روغنی بی­رقیب می­کند. به طور کلی روش های اصلاحی سویا برای تولید بذر شامل واردکردن ارقام خارجی، گزینش، دورگ گیری و بیوتکنولوژی می باشند. با توجه به محدودیتهایی که گل سویا برای کارهای اصلاحی دارد، تاکنون کارهای زیادی در این زمینه در ایران انجام نشده است. مجتمع تکاتو با در اختیار داشتن منابع عظیم ژرم پلاسمی سویا از گروه­های رسیدگی مختلف، مقاوم به آفات و بیماریهای گوناگون و سایر ویژگی ها در کنار بدنه کارشناسی قوی خود  امید است بتواند در زمینه تولید بذر سویا به موفقیت چشمگیری نائل گردد. در این راستا ژنوتیپ های موجود در بانک بذر مجتمع طی سال های گذشته در قالب طرح احیا و ارزیابی مورد بررسی قرار گرفته و ارقام با خصوصیات برتر شناسایی شدند. در سال زراعی 93 تلاقی بین برخی از این ارقام صورت گرفت که چهار تلاقی موفقیت آمیز بود و بذر F1 حاصل از آنها برداشت شده است. وارد کردن بذور حاصله در برنامه های اصلاحی با استفاده از روش های مربوطه و انجام عملیات لازم طی حداقل 6 سال جهت رسیدن به رقم یا لاین برتر و انجام تلاقی های جدید از برنامه های سال های آتی مجتمع روی این گیاه روغنی خواهد بود.

کاشت 10 رقم آفتابگردان روغنی و آجیلی و انجام عملیات سلفینگ و جمع آوری بذور، تدوین و اعمال برنامه های اصلاحی لازم در هر یک  از مواد اصلاحی بدست آمده از جمله برنامه های اخیر این مجتمع  روی آفتابگردان بوده که اخیرا  شروع شده است.

ادامه ارزیابی و گزینش جمعیت­های در حال تفرق محصولات مختلف جهت رسیدن به رقم یا لاین جدید.

تکثیر لاین‏های جدید جوامع در حال تفرق محصولات مختلف و بررسی سازگاری آنها در مناطق مختلف جهت معرفی رقم.

 ادامه بررسی ایجاد لاین­های عقیم، نگهدارنده و رستورر در تولید بذر هیبرید کلزا.

 انجام تلاقی هدفدار بین ارقام محصولات مختلف موجود در بانک بذر با توجه به اطلاعات ثبت شده.

 استفاده از موتاژن­های فیزیکی و شیمیایی در محصولات مختلف موجود در بانک بذر.

 استفاده از روش‏های کشت بافت و تکنیک‏های مرتبط جهت کاهش زمان تولید ارقام جدید

اموزش روشهای اصلاحی کلاسیک شامل دو رگ گیری خاص هر گیاه به دانشجویان و علاقمندان

تجزیه و تحلیل داده های اماری طرح های تحقیقاتی 

پذیرش فارغ التحصیلان رشته زراعت و اصلاح نباتات جهت گذراندن دوره کارورزی 

انجام آزمایشات تکمیلی ارقام معرفی شده و ترویج آنها

انجام طرح‏های سازگاری و پایداری در جهت اهداف اصلاحی با نگاه اقتصادی

انجام طرح های ارزیابی برخی از ارقام بادام زمینی، آفتابگردان و سویا جهت ارزیابی و امکان تولید اقتصادی

تکثیر اقتصادی سویا رقم آرین و یا ارقام دیگر از محصولات روغنی

بكارگيري فناوري‌ها و روش‌هاي نوين جهت سرعت بخشيدن و افزايش كارايي برنامه‌هاي تحقيقاتي

انجام آزمون­های مقدماتی و ارزیابی ارقام معرفی شده در مناطق تعیین شده کشور

انجام آزمون­های سازگاری،پایداری، تمایز و یکنواختی ارقام در دست معرفی

تعيين بهترين شرايط كشت براي ارقام جديد با همکاری واحد به نژادی

بررسي تاثير عمليات زراعي بر عملكرد واريته‌هاي زراعي دانه‌هاي روغني

شناسايي مناطق مستعد توسعه كشت دانه‌هاي روغني و تعيين بهترين شرايط كشت براي ارقام جديد

تشکیل کلاس‌های ترویجی و آموزشی برای همکاران، کارشناسان و کشاورزان